Sho Tsugawa's Homepage:情報メディア実験
目次
R の起動と igraph のインストール
R
> install.packages("igraph")
モデルによるグラフの生成
パラメータの意味はigraphのマニュアルを参照のこと。
> library(igraph) # ライブラリを読み込み > g1<-erdos.renyi.game(n=200,p=0.05) # ER モデルでノード数 200 密度 0.05 のグラフを生成 > write.graph(g1,"er.dot",format="dot") # グラフを er.dot というファイルに書き出し > g2<-watts.strogatz.game(dim=1,size=200,nei=5,p=0.05) # WS モデルでグラフを生成 > write.graph(g2,"ws.dot",format="dot") > g3<-ba.game(n=200,m=2,directed=F) # BA モデルでグラフを生成 > write.graph(g3,"ba.dot",format="dot")
生成したグラフの可視化
R による方法
> library(igraph) > g1<-erdos.renyi.game(n=200,p=0.05) > plot(g1) > tkplot(g1) # plot よりも高機能
Gephi による方法
Gephi はオープンソースのネットワーク可視化/分析ソフトウェアである。
非常に高機能であるが、ここでは最低限の方法のみ説明する。詳しい使い方は Gephi の Web ページを参照のこと。
Gephi のインストールと起動
- Gephi のアーカイブのページから、バージョン 0.7 beta の Linux 版をダウンロードする。(最新の安定板は計算機室の端末で動きませんでした)
tar xvzf gephi-0.7-beta.tar.gz # 適当なディレクトリで展開する ./gephi-0.7-beta/bin/gephi07beta # 起動
- Gephi のページからダウンロードしたファイルが計算機室で動かないという例が報告されています。津川のホームディレクトリの下に動作確認済みのパッケージを置いているので、それを利用してください (パスは実験中に津川か TA に聞いてください)。
グラフのインポートとレイアウトの変更
- File -> Open から可視化したいグラフのファイルを開く (例えば、er.dot を開く)
- Layout のウィンドウで、可視化のアルゴリズムを選び、Run をクリックする
- Graph ウィンドウにレイアウトした結果が表示される
グラフのエクスポート
- 可視化したグラフを保存したい場合は、File -> Export
- ファイルに保存する前に確認したい場合は、preview ウィンドウを開き、preview settings ウィンドウの Reflesh ボタンをクリック